Il Comando di Regione costituisce il massimo livello della catena periferica di comando; esso è affidato ad un generale di Squadra Aerea. Sussiste un rapporto di corrispondenza tra la Regione Aerea ed il ROC, che rappresenta il Centro Operativo. Il Comando del ROC può essere esercitato direttamente dal Capo di Stato Maggiore o dal comandante della quinta ATAF. La 3ª Regione Aerea, con sede a Bari è competente per le Regioni dell'Abruzzo, Molise, Puglia, Basilicata, Calabria e Sicilia. Nella giurisdizione del Comando Regione è ubicato a Martina Franca il Comando del 3° ROC.
Nel 1980 il comandante della Regione è il generale di Squadra Aerea Piccio Piero, il vice comandante è il generale di Divisione Aerea Amaldi Franco, il Capo di Stato Maggiore il colonnello Boemio Roberto. Dopo il generale Piccio si sono avvicendati nel Comando della Regione: dall'81 all'83 il generale di Squadra Aerea Nencha Andrea; dall'83 all'88 il generale di Squadra Aerea Casagrande Siro; dall'88 al 90 il generale di Squadra Aerea Moneta Caglio Giovanni; dal 90 al 92 il generale di Squadra Aerea Goldoni Rolando; dal 92 al 94 il generale di Squadra Aerea Montinari Giuliano; dal 94 al 95 il generale di Squadra Aerea Manca Vincenzo; dal 95 al 97 il generale di Squadra Aerea Caltabiano Marcello; dal 97 il generale di Squadra Aerea Crucioli Piergiorgio.
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